Immaginò egli un sistema detto dualismo, con cui pretendeva dimostrare esservi due principj ovvero due Dei, uno autore del bene, l'altro autore del male.

 Come conseguenza del suo dualismo Manete insegnava eziandio essere nell'uomo due anime; una che opera necessariamente il male, l'altra per necessità doveva fare il bene.