Nei giorni della Repubblica il Bonaparte dimorò a Napoli, e poi, tornato a Roma, continuò per qualche tempo a condurre una vita molto pia, finchè, dopo molto esitare per la sua delicata coscienza, Pio Nono l'ordinò prete, nominandolo suo cameriere segreto e protonotario apostolico.

 Ed egli tornossene in Roma ed il Santo Padre, per dimostrare che se egli cessava di rappresentare la Santa Sede in Portogallo, non era per nessun demerito, lo creò e pubblicò Cardinale nel Concistoro del 22 dicembre 1873, dandogli il titolo di Santa Anastasia, e nominandolo prefetto della Sacra Congregazione delle indulgenze e sacre reliquie.