Finchè egli fu amico dei Salesiani, tutto andava benissimo; ma avendo il Governo nazionale per mene settarie ingaggiata la guerra religiosa e rotte le relazioni con la Santa Sede, espellendo il Delegato Apostolico monsignor Matera sotto pretesto che non era persona gradita, il Governatore, imbevuto di falsi principii e fors'anche indotto dal Presidente, colse a volo un'imprudenza commessa per puro zelo da Don Milanesio e prese a perseguitare senza tregua i poveri Missionari.