Quando sul principio di giugno il Duca di Broglie sollevò la questione del Manuale ateo innanzi al Senato, il Ministro della Pubblica Istruzione, signor Ferry, riconobbe che Paolo Bert "si era censurato da se stesso", avendo nella nuova edizione introdotto tali correzioni, da non potervisi più trovare nulla che contravvenisse alle disposizioni della legge sull'insegnamento.